​​Унутрашња организација Гендер центра уређује се тако да се осигура законитост, одговорност, ефикасност и професионална непристрасност у вршењу послова и задатака из надлежности Гендер центра, ефикасно руковођење и надзор над извршавањем послова и задатака, остваривање сарадње са министарствима, републичким управама, републичким управним организацијама, стручним службама Владе и Народне скупштине Републике Српске и другим органима и организацијама, пуна запосленост државних службеника/ца и осталих запослених, те максимално кориштење њихових стручних знања и радних способности.

У вршењу послова и задатака из надлежности Гендер центра, њиховом руковођењу и надзору, поступку запошљавања, условима рада и правима из радног односа, образовању, оспособљавању, усавршавању и напредовању у послу, дискриминација, директна или индиректна, узнемиравање, сексуално узнемиравање, насиље на основу пола и мобинг није дозвољено по било ком основу, у складу са одредбама Закона о раду, Закона о административној служби у управи Републике Српске и Закона о равноправности полова у Босни и Херцеговини.