У оквиру Секретаријата Министарства обављају се кадровски, организациони, финансијско-плански и рачуноводствени послови, нормативно-правни послови из надлежности Секретаријата, аналитичко-информативни и послови у вези са административно-техничким, помоћним и заједничким активностима, послови на организовању рада комисија за полагање стручних испита из надлежности Министарства, као и остали послови из ових области који су утврђени Програмом рада Министарства и Владе Републике Српске.
У оквиру Секретаријата формира се Одјељење за економско, финансијске и опште послове.